Le SNESUP s'inquiète de la hiérarchisation programmée de l'enseignement supérieur entre des universités dites « de recherche intensive à dimension mondiale » labellisées Initiatives d’Excellence (IdEX), constituées autour des très grandes métropoles (Paris, Lyon, Marseille, Strasbourg, Toulouse, Bordeaux, ...), et des universités de « dimension régionale », « inscrites dans leur écosystème » sous forme d’Initiatives-Sciences-Innovation-Territoires-Economie (I-SITE).

Cette politique est celle d'une université à deux vitesses, tant sur le plan de la recherche que sur celui de l'enseignement.

Sur le plan de la recherche à l'université de Bourgogne, priorité sera donnée aux équipes « innovantes » au détriment des recherches fondamentales. A terme, c'est une spécialisation des territoires en termes de disciplines, avec des disciplines qui ne seront plus représentées.

Sur le plan de l'enseignement supérieur, cette spécialisation aboutira à l'impossibilité pour un nombre grandissant d'étudiants de suivre le cursus de leur choix, par manque de moyens pour aller étudier dans les universités où la discipline qu'ils veulent étudier sera encore enseignée.